Giải phóng một cuộc tấn công bất ngờ tàn khốc, các ninja bay từ Land of Sky đang tìm cách trả thù kẻ thù cũ Konohagakure của họ. Bất chấp sự háo hức tham gia cuộc chiến, Naruto Uzumaki bị giữ bởi Shinnou, một bác sĩ bí ẩn, người cần sự giúp đỡ của anh ấy để cứu một người bị thương.